在进行日本90天短期留学申请时，有时候可能会面临被拒签的情况，这对于申请者来说可能会是一个沮丧和困惑的时刻。但是，被拒签并不意味着终结，有一些措施可以采取来处理这种情况，增加再次申请成功的机会。

1. 了解拒签原因

首先，当收到被拒签通知时，要仔细阅读通知中提供的拒签原因。通常会明确指出拒签的具体原因，可能是因为材料不全、信息不清晰或其他问题。了解原因是解决问题的第一步。

2. 修改申请材料

根据拒签原因，修改和完善申请材料是至关重要的。确保提供的文件齐全、清晰，并符合签证要求。如果有需要，可以寻求专业人士的帮助来准备新的申请材料。

3. 提出上诉

如果认为拒签是有误的，可以考虑提出上诉。在上诉过程中，需要提供额外的证据来支持自己的申请。上诉的成功率可能较低，但是仍然值得一试。

4. 寻求专业帮助

如果自己无法处理被拒签问题，可以寻求专业移民律师或顾问的帮助。他们有经验和专业知识，可以帮助评估情况并提供有效的解决方案。

总之，被拒签并不是绝望的结局。通过了解拒签原因、修改申请材料、提出上诉或寻求专业帮助，都可以增加再次申请成功的机会。在处理被拒签问题时，保持耐心和乐观的态度也是十分重要的。希望以上建议能帮助申请者顺利解决被拒签问题，顺利实现短期留学计划。