1. 立即与国内领事馆或使领馆联系

如果您的日本留学签证已经到期，首先要做的是立即与您所属国家的领事馆或使领馆取得联系。他们将向您提供相关法律和手续的详细信息，并为您提供适当的帮助和指导。

2. 申请延长签证期限

如果您有正当理由需要继续留在日本，例如正在进行学术研究或医疗治疗，您可以向日本移民局申请延长签证期限。请确保您提供充分的证据和详细的解释，以增加获批的机会。

3. 寻找合法的居住和工作方式

如果您无法获得签证延期，那么您需要寻找其他合法的居住和工作方式。您可以考虑申请工作签证、学生签证或技术实习签证，以便您能够合法地留在日本。在办理这些签证时，请确保遵守相关的法律和规定。

4. 寻求法律援助

如果您面临被遣返或被拘留的风险，或者遇到其他法律问题，建议您寻求专业的法律援助。律师或移民顾问将能够提供您必要的法律建议，并帮助您采取适当的法律行动。

总之，如果您的日本留学签证已过期，滞留在日本是不合法且可能会引起许多问题的。在面对这种困境时，与领事馆或使领馆联系，申请延长签证期限，寻找合法的居住和工作方式以及寻求法律援助都是应该考虑的步骤。重要的是，始终与当地法律和规定保持一致，并尽早采取适当的行动来解决问题。